Satul Cucuteni este cel mai vechi sat din cadrul comunei Durneşti, dar prima atestare documentară se află într-un act de vânzare – cumpărare din anul 1643 pe când cel mai vechi document care atestă existenţa localităţii Durneşti (reşedinţa de comună) aparţine Cancelariei domneşti din Suceava emis în anul 1433.
Înainte de a fi zidită biserica de astăzi, satul a avut o biserică mică, construită de locuitorii satului Cucuteni Răzeși, din nuiele cu lut şi acoperită cu şindrilă, care a servit timp de peste 100 de ani, iar în jurul anilor 1920 – 1927 a fost demolată, toate obiectele de cult au fost duse în noua biserică.
Biserica din Cucuteni a fost construită în anul istoric al Unirii Principatelor Române, 1859, de către proprietarii moşiei satului Mihai şi Grigore Tufescu, ei suportând toate cheltuielile construcţiei. Enoriaşii care în majoritate erau răzeşi, au contribuit cu munca la ridicarea acestui Sfânt lăcaş.
Biserica, în suprafaţă de 161 m.p. are formă de navă cu altar semicircular și fațadă cu turn clopotniță, este construită din piatră şi cărămidă şi acoperită cu tablă.
Documente sau acte cu date precise din care să reiasă dat la care a fost pictată biserica sau autorul nu s-au găsit, totuşi se bănuieşte că biserica a fost pictată în tempera în secolul al XIX – lea. Icoanele de pe catapeteasmă sunt foarte vechi, chiar mai vechi decât biserica şi se crede că ele au fost aduse aici de la o altă biserică veche care a aparţinut familiei Tufescu. Această presupunere se bazează pe faptul că în biserică se găsesc obiecte de cult vechi şi anume: Sfântul Potir şi Sfântul Disc care datează din anul 1817, Crucea din metal comun cu postament, donată de familia Tufescu din anul 1852 şi Crucea cu răstihnirea pictată în ulei pe lemn din anul 1879.
Din relatările bătrânilor se ştie că biserica a fost reparată de trei ori. Prima reparaţie s-a făcut în anul 1923, din iniţiativa Pr. Gheorghe Chipail, ajutat de epitropul Vasile Matei, cu bani adunaţi de la enoriaşi. A doua reparaţie s-a făcut în anul 1932, tot sub directa supraveghere a Pr. Gheorghe Chipail, epitrop fiind Constantin Parfin. De data aceasta s-au făcut reparaţii la zidărie şi s-au pictat diferite scene biblice şi sfinţi pe pereţii laterali. Pictura a fost făcută de pictorul Stefan Stroiny în anul 1932, când au fost curăţate şi icoanele de pe catapeteasmă.
Fiind amplasată lângă DN 29D, care leagă mun. Botoşani de oraşul Ştefăneşti, biserica a suferit mari avarii în timpul războiului din 1941 – 1945. în anul 1959 a fost reparată a treia oară din iniţiativa Pr. Mihai Parfin ajutat de epitropul Constantin Mocanu, renovându-se interiorul şi exteriorul, cu fonduri adunate de la enoriaşi.
În data de 13.03.2010 Biserica Sf. Nicolae Cucuteni a primit vizita Înaltpreasfințitului Părinte Teofan, care a dăruit Sfântul Antimis.
Preoţii care au slujit la această biserică în ordine cronologică au fost: Pr. Petru Glavan, Pr. Ioan Glavan, Pr. Constantin Teodorul, Pr. Petru Arhip, Pr. Gheorghe Chipail, Pr. Mihai Parfin, Pr. Mihai Brânză, Pr. Aurel Murariu, Pr. Florin Meştreanu, Pr. Viorel Cruceanu, Pr. Ionuţ Daniel Moise şi în prezent Pr. Marcel Terciu.
